Si l'AOC Côtes-de-Bourg peut s'appliquer aux vins rouges comme aux vins blancs, il n'en demeure pas moins que ce sont les vins rouges qui représentent 98% de la production du vignoble. L'encépagement du vignoble est composé majoritairement de Merlot, puis de Cabernet-Sauvignon et enfin de Malbec. Les vins rouges des Côtes-de-Bourg peuvent se révéler de très bonne qualité avec une personnalité bien marquée et élégante qui les rapprochent des vins de Graves. Les rares vins blancs de l'appellation Côtes-de-Bourg sont produits sur la commune de Pugnac, dominé par le Sauvignon, complété par le Sémillon et divers cépages comme la Muscadelle, le Merlot Blanc et le Colombard.